1. 什么是 GenekServer ?

GenekServer 是基因课推出的供学员练习使用的生物信息云服务器。

2. 怎么获得服务器账号?

在线购买课程后,会在5分钟内自动开通账户,并发送到邮箱。

3. 服务器配置如何?

目前基因课一共有 5 台高性能服务器,每台服务器配置如下:

  • CPU :不低于 24 线程
  • 内存:不低于 96G

4. 每个用户分配多少资源?

基因课的学员分为普通用户和年付会员。普通用户是指单独购买课程的用户;年付会员是指购买《年付会员》的用户。
普通用户和年付会员分配的磁盘空间不一样,服务不一样。

/ 普通用户 年付会员
用户磁盘配额 20G/课程 100G
时长 2个月/课程 1年
安装软件服务 不提供 提供

5. 怎么远程登陆服务器?

参考课程:《Linux 入门》

  • Windows : 使用 putty 登陆,在 Host Name(or IP address)处填写server.genek.tv
  • Linux/Mac : 终端输入 ssh username@server.genek.tv

首次登陆建议立即修改初始密码
 

$ passwd
Changing password for genek.
(current) UNIX password:                # 输入旧密码
Enter new UNIX password:                # 输入新密码
Retype new UNIX password:               # 确认新密码
passwd: password updated successfully
$

6. 上传和下载数据?

参考课程:《Linux 入门》
上传数据到服务器,或者从服务器下载数据,使用 SFTP 协议,建议使用 FileZilla 工具。
账号为登陆服务器的账号,端口为22

数据传输会严重影响服务器的使用,传输大于 100M的数据,请务必在22:00 到 6:00进行(不在国内的请记得换算成北京时间),发现了我就直接杀任务啦。

7. 如何使用 Rstudio ?

参考课程:R 入门
url : http://服务器地址:8787/
通过浏览器登陆以上url, 输入 GenekServer 的用户名和密码即可,注意将服务器地址换成邮件中的地址,如 gs0.genek.tv。
这里输入的用户名密码,就是登陆服务器的用户名和密码。

8. 如何查看磁盘配额?

$ quota -uvs
Disk quotas for user u1969 (uid 1566): 
     Filesystem   space   quota   limit   grace   files   quota   limit   grace
/dev/mapper/GenekServer--0--vg-home
                    16K  20480M  18432M               4       0       0

quota 对应的 20480M,是总共分配的磁盘空间;
space 对应的 16K,是已经使用的磁盘空间。

9. 如何查看账户到期时间?

使用 chage -l username 查看

$ chage -l u2416
Last password change : Aug 18, 2018
Password expires : never
Password inactive : never
Account expires : Aug 17, 2019
Minimum number of days between password change : 0
Maximum number of days between password change : 99999
Number of days of warning before password expires : 7

账户到期后,数据会保留15天。

10. 服务器上已经安装了哪些软件?

服务器上已经预先安装好了超过 500 款常用生物信息软件。大部分软件使用 conda 安装,少部分在 conda 仓库中没有的软件手动安装。

  • 使用 conda 安装的软件

使用 conda 安装在 /pub/anaconda3 目录下,你只需要将 /pub/anaconda3/bin 添加到环境变量 PATH 就可以直接使用这些软件,非常方便。

也就是,将下面这句话添加到 ~/.bashrc 文件末尾

export PATH=/pub/anaconda3/bin:$PATH

个别软件的依赖有冲突,比如 annoconda 默认使用的是 python3,而 tophat软件依赖 python2。这个时候 conda 会使用不同的环境来隔离。

# 查看有哪些 conda 环境
genek@GenekServer:~$ conda info -e
# conda environments:
#
py27                     /home/genek/miniconda3/envs/py27
rmats2sashimiplot        /home/genek/miniconda3/envs/rmats2sashimiplot
root                  *  /home/genek/miniconda3

# 切换到 py27 环境
$ source activate py27

# 查看 py27 下安装了哪些软件
$ conda list

# 运行 tophat
$ tophat

# 退出 py27 环境
$ source deactivate
  • 手动安装的软件
    安装在 /pub/software 目录下

11. 服务器没有我要用的软件怎么办?

你可以练习张旭东老师安装(QQ:651681275),也可以自行安装。 自行安装建议优先使用 conda 安装。

如果你决定自己使用 conda 安装,你需要先从环境变量PATH中删除 /pub/annoconda3/bin 目录,避免冲突。

软件安装的具体方法参考《生物信息软件安装》视频课程。

12. 服务器上下载了哪些数据库?

  • blast 数据库
    路径: /pub/database/blastDB
    这里存放的是常用的 blast 比对数据库,比如 nr
  • 参考基因组
    路劲: /pub/genomes
    这里存放的是常用物种的基因组序列,以及构建好的各种 index,比如 hg38

如果你要用的数据库不在,可以联系张旭东老师(QQ:651681275)更新。

13. 分配的资源不够用怎么办?

基因课提供服务器的初衷是给大家提供一个练习环境。在这里做项目肯定是不够用的。建议大家只是用小数据测试。

如果你还是希望用基因课的服务器。我们目前购买了 5 台高性能服务器,还有三台闲置,可以出租给需要的人。

14. 服务器怎么出租?

  • 闲置的三台服务器配置如下:
服务器编号 CPU 内存 可用空间
gs1 24 线程 192G 10T
gs2 24 线程 96G 10T
gs3 24 线程 96G 10T
  • 按月出租,三台服务器价格一致:
类型 首月 续费 备注
1人独享 1500元/月 2000/月 该配置阿里云为 6421元/月
10人共享 200元/月 300元/月 每人1T存储
  • 基因课提供软件安装服务和数据迁移服务。

  • 该服务器的使用方法跟赠送的服务器完全一样。

  • 服务器到期后数据会保留 15天。

  • 租用请扫码: 

15. 服务器代管服务

如果你自己购买了服务器,但是由于管理不善,经常出各种问题,基因课可以提供代管服务。具体联系张旭东老师(QQ:651681275)。


更新日期:2018年8月26日